Tugas Pokok dan Fungsi Dinas Perkebunan dan Peternakan Kabupaten Jayapura berdasarkan Peraturan Bupati Jayapura Nomor 18 Tahun 2017 adalah sebagai berikut :
Melaksanakan urusan pemerintahan di bidang Perkebunan, Peternakan, Kesehatan Hewan & Kesmavet dalam rangka mewujudkan masyarakat yang sejahtera melalui peningkatan kualitas perkebunan dan peternakan dengan menghormati kearifan yang ada guna mendukung terwujudnya masyarakat yang berjati diri, harmonis, demokratis dan damai, sejahtera, partisipatif, terbuka, akuntabel menuju Jayapura Baru.